候选疾病基因发现

临床诊断外显子测序(DES)作为诊断和发现工具双重作用:

  1. 使大规模基因检测更经济实惠;亚博外围投注
  2. 加快候选疾病基因的科学发现速度,从而提高我们诊断患者的能力亚博yabovip网页版

使用DES鉴定的候选基因的临床报告基于Ambry的综合、基于规则的评分标准。标准包括橱柜的基因变种基因功能研究、组织和发育阶段表达、体外或体内功能研究、基因家族和/或途径知识、动物模型和家族共分离分析的分类和重要证据。

图1候选基因发现的报告通常被解释为不确定的发现,根据获得的证据水平分为两类:“候选”或“疑似候选”

(图1)候选基因标准:评估可用证据水平以提出候选基因-疾病关系的方案

通过应用我们的候选基因标准:

我们实现了8%称为用于诊断外显子测序患者(表1)中的候选基因的检测率。亚博yabovip网页版中的第一1500名病人转诊外显子测序,这两种亚博yabovip网页版特征和未表征的基因进行分析的934名患者,其中72中(7.7%)有一个报告的候选(表1)。在这些72例,37(4.0%)亚博yabovip网页版接受了“候选”证据分数和35(3.7%)接受“疑似候选人”的分数。

(表1)候选基因率在那些ExomeNext,通过证据的力度

证据类别 亚博yabovip网页版具有候选基因结果的患者
候选人 4.0%
可疑候选人 3.7%
全部的 7.7%

同行评议的发布候选基因确证随着时间的推移(图2)金额

在所有报道的候选基因的一半基因中的同行评议的文献随后证实报告>前12个月(图2)。在候选基因达到“候选人”和“疑似候选人”的证据水平,54.5%(18/33)和23.7%(9/38)有后续确证出版物,分别为(P = 0.014)。候选基因描述包括到2015年十一月报告确定的时间来发布是否为同行评议的佐证的一个因素,我们进一步限制了分析,通过2014年12月报道在这个队列与可用于后续至少12个月的候选基因确证(N = 52),确证率提高到51.9%(52分之27)整体,并到达基因的基因到达怀疑候选证据候选证据和34.6%(9/26)中69.2%(18/26)。

术语

孟德尔病特征基因 已知至少一种孟德尔遗传病的基因
未鉴定的孟德尔疾病基因 目前尚不清楚孟德尔遗传病的基因
临床有效性 根据现有的文献和知识有关的基因与疾病的关系,临床有效性是一个特定的疾病是由致病性变异体在特定基因真正引起的确定。
非特征基因与疾病的关系 先前未提出或基于临床有效性评估的证据有限的基因-疾病关系和/或机制
特征基因疾病关系 一个疾病或表型,其潜在的分子病因的基础上ClinGen临床有效性评估的证据至少中等水平建立
候选基因标准 规范的标准方案进行评估的现有证据的级别提出在之前未基因与疾病的关系的候选基因与疾病的关系
特发性疾病 一种疾病或表型,其潜在的分子病因学或病因尚未确定。对于异质性疾病,可能有多种病因。

参考

1.Kelly D.Farwell Hagman女士,CGC,Deepali N.Shinde博士,Cameron Mroske女士,Erica Smith博士,Kelly Radtke博士,Layla Shahmirzadi女士,CGC,Dima El Khechen女士,CGC,Zöe Powis女士,CGC,Elizabeth C.Chao博士,FACMG,Wendy A.Alcaraz博士,DABMG,Katherine,L.Helbig女士,CGC,Samin A.Sajan博士,Mari Rossi女士,PhL,萧Mei Lu博士,Robert Huether博士,李树伟博士,吴思涛博士,马克·E·努涅斯医学博士和沙唐博士,FACMG。临床报告的候选基因标准:诊断性外显子组测序在8%的未诊断疾病患者中识别出改变的候选基因。亚博yabovip网页版医学遗传学, 2016.

2.史密斯·埃德、拉德克·K、罗西·M、辛德·DN、达拉比·S、艾尔·赫钦·D、波维斯·Z、赫尔比格·K、沃勒·K、格兰奇·DK2、唐·S、法威尔·哈格曼·KD。基因分类:基因疾病协会艾滋病诊断外显子组分析和重新分类的标准化的临床有效性评估.哼变异,2017年。

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